Aunque se desconoce la fecha de su fundación, se sabe que la localidad fue rescatada a los moros por Alfonso II de Aragón en 1181, y el nombre de Linares se cita ya en el fuero de Daroca de 1142. Durante algún tiempo se confía a la Orden del Temple la defensa del castillo de la villa, así que son los Templarios quienes rigen los destinos del lugar hasta que, en 1202, Pedro II el Católico hace donación de esta fortaleza, y también de la de Puertomingalvo, a favor del Cabildo de la Seo de Zaragoza. Se trataba de incrementar la población, menguada sobremanera a principios del siglo XIII en ambos lugares, los cuales se convierten ahora en patrimonio de la Mesa episcopal cesaraugustana. Desde entonces pertenecerá al obispado de Zaragoza durante seis siglos más hasta la desamortización.
En 1532, don Fabrique de Portugal (Arzobispo de Zaragoza y, por ende, señor de Linares) intenta atajar el decaimiento de la antigua fortaleza de este pueblo, que como tantos otros, había perdido su importancia militar, pero no podrá hacer frente a los costes de restauración calculados.
En 1611, un geógrafo portugués, Juan Bautista Labaña, visita la villa y la describe como una populosa localidad de más de 300 vecinos. Merced a su posición estratégica y a su desvío de las principales vías de comunicación, la población no se implicará directamente en ningún acontecimiento político militar hasta la primera guerra civil del siglo XIX, si bien deben evocarse los nombres de algunos hijos ilustres de Linares, como Don Baltasar Gargallo, a quien Felipe V concedió un privilegio de hidalguía en 1738 por su acción en la Guerra de la Sucesión, o Don Pedro José Fonte, consejero de la Reina María Cristina y Arzobispo de México, quien durante la Guerra de la Independencia ayudó económicamente a Palafox e inició una suscripción en favor de los heroicos defensores de Zaragoza.
Durante la primera guerra carlista, los carlistas fortificaron la villa y permanecieron dentro de sus muros hasta abril de 1840. Mientras tanto abrieron una carretera que atravesaba todo el término de Linares, pero que no se conservaría dadas las condiciones orográficas y meteorológicas del territorio. Y finalmente, es durante la Guerra Civil cuando la población sufre lo indecible, aunque logra salvar su gran tesoro artístico.
Entre las personalidades sobresalientes más cercanas a nosotros, se distinguen el Padre Ramón Dolz, Provincial de los Escolapios; Don José María Gómez, diputado a cortes; Don Agustín Mora, padre dominico que murió en olor a santidad: Don Antonio Badal Solsona, sacerdote sencillo y virtuoso, y Don Leopoldo Bayo López, el más egregio de los hijos de Linares en la época reciente.
Su actual nombre, Linares de Mora, aparece desde 1910. Antes conoce diferentes denominaciones como Linares del Puerto (1285), Linares (entre 1495 y 1910) o Linares de Aragón.
Administrativamente, Linares de Mora ha formado parte, de manera sucesiva, al merinado de Zaragoza (1295), a la sobrecullida de Montalbán (1446-1495), a la vereda de Montalbán (1646) y al corregimiento de Teruel (1711-1833). Se constituye como Ayuntamiento en 1834 y forma parte del partido judicial de Mora de Rubielos, para incorporarse en 1965 al partido judicial de Alcañiz. En 1971 se le une Castelvispal, que históricamente ha seguido el mismo camino que Linares, ya que desde sus orígenes ha pertencido al obispado de Zaragoza.